物种间存在广泛的相互作用，包括寄生、共生、竞争等，而普通的转录组只能研究单一物种的信息，不仅浪费一部分数据，而且在分离中也会对样本本身造成一定的影响。而互作转录组，无需分离两物种，避免分离造成的干扰，只构建一个转录组文库便可得到两物种的信息。同时，还可以通过互作模型图获得物种间基因的调控关系，得到两物种间的相互作用机制。
美吉优势
1。 独具特色的取样建库流程,有效提高侵染物种的数据量；
2. 新增研发分析内容，更好揭示物种间相互作用关系 ；
3. 经验丰富的技术和生信分析团队，并有强大的计算机平台作支撑；
4。 从实验方案设计到后期数据挖掘,全面助力您的科学研究。
应用范围
1. 植物病害与抗病感病机理
2. 生理适应与分子响应
3。 病原菌入侵与宿主免疫
4. 物种间共生机理
5. 物种共进化
组织样品
1. 动物组织：>2g
2. 植物组织：>4g
3. 细胞培养：>1*107个
4. 血液样品：≥2ml
5。 菌体沉淀：2-4ml (密度约1*107个/ml，对数期或稳定初期)
RNA样品
1. 真核样本请提供浓度≥50ng/μL，总量≥2μg的RNA（单次建库用量为1μg），原核样本请提供浓度≥100ng/μL，总量≥4μg的RNA（单次建库用量为2μg），对于总量不足常规建库但多于10ng的样本可以采用微量建库；
2. OD260/ 280介于1.8 ~ 2.2之间，OD260/230≥2.0，RIN值≥6.5，28S:18S≥1.0，确保RNA无降解；
3. 送样时请标记清楚样品编号，管口使用Parafilm膜密封；
4. 样品保存期间切忌反复冻融；
5. 送样时请使用干冰运输；
测序量
1。 真核对照样本参照真核转录组测序量,为6G clean data；
2。 原核对照样本参照原核转录组测序量,为2G clean data；
3. 真核-真核、真核-原核互作样本转录组测序量，为10G clean data（具体可视情况而定）。
建库方式
1. 真核-真核互作转录组测序一般采用ployA富集方式得到mRNA；
2. 真核-原核互作转录组测序一般采用去除核糖体RNA方式得到mRNA。
案例1 沙门氏菌感染人细胞系
美国、奥地利和德国学者利用dual RNA-seq技术，以沙门氏菌和人细胞系为互作模型，研究了细菌sRNA与宿主基因的作用机制。沙门氏菌感染宿主细胞0h、4h和24h后，对宿主细胞和沙门氏菌基因进行分析。研究发现，沙门氏菌sRNA中的PinT上调最为明显，同时PinT受PhoP调控；此外，PinT可以调控自身毒力相关基因SPI-1下调、存活相关基因SPI-2上调，而SPI-2可以调控宿主JAK–STAT信号通路上调。
图 沙门氏菌侵染宿主后两者相互作用模式
案例2 灰葡萄孢菌侵染莴苣
B. Cinerea侵染L。 Sativa 12h、24h和48h后,进行转录组测序。测序数据与参考基因组mapping，mapping至L. Sativa参考基因组的比率为77%左右,而mapping至B. Cinerea参考基因组的比例随着侵染时间延长而升高,其中在侵染后48h为5.5%。侵染的三个时期中,病原菌与宿主中共检测到1139和4598个差异变化基因,占总注释到基因的44%。通过GO富集发现，宿主中上调的基因大都与植物防御病原菌相关。
不同侵染时期基因表达水平heatmap图 侵染48h后代谢通路变化
参考文献
1. Westermann A J, Förstner K U, Amman F, et al. Dual RNA-seq unveils noncoding RNA functions in host–pathogen interactions[J]. Nature, 2016, 529(7587).
2. De C K, Mathys J, Vos C, et al. RNAseq-based transcriptome analysis of Lactuca sativa infected by the fungal necrotroph Botrytis cinerea[J]。 Plant Cell & Environment, 2013, 36(11):1992–2007.
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